La novela se divide en tres partes marcadas por tres escenarios distintos y claros puntos de giro. La primera parte narra la huida de Arturo y Alicia desde Bogotá hacia los llanos orientales. La segunda parte cuenta la estancia en los llanos y la separación de Alicia y la tercera relata la incursión en la selva amazónica en busca de ella.
El cuerpo principal de La Vorágine lo conforma el relato en primera persona de la aventura de Arturo Cova quien huye de las convenciones sociales de la estrecha sociedad bogotana de principios del siglo XX. Esta huida lo lleva a los llanos orientales, donde se separa intempestivamente de Alicia, su compañera. La búsqueda de Alicia lo llevará a la selva de la Amazonía colombiana, venezolana y brasileña, donde Arturo será testigo de la penosa esclavitud de los trabajadores que extraen el caucho.
De forma paralela se presenta el testimonio del cauchero Clemente Silva, que emprende un éxodo desde la ciudad de Pasto, tras las huellas de su hijo, encontrando solamente la esclavitud en las caucheras.
Uno de los escenarios y personajes principales del relato es la selva, que mediante alucinaciones, enfermedades y plagas ataca hasta la muerte al hombre que la explota, en un ciclo de destrucción mutua. Esta selva enclaustrante, húmeda y malsana, contrasta con el escenario inicial en la llanura que representa la libertad y esperanza perdidas.
